Los gérmenes desconocidos son algo común en los hospitales. Los investigadores de la Universidad de Basilea han pasado muchos años recopilándolos y analizándolos. Han identificado muchas especies nuevas de bacterias, algunas de las cuales son importantes para la práctica clínica.
Las infecciones bacterianas se pueden tratar más eficazmente si se conoce la causa de la enfermedad. En la mayoría de los casos, para identificar un patógeno basta con un análisis en un laboratorio médico. Sin embargo, a veces los métodos estándar resultan insuficientes, por ejemplo, si esas bacterias son aún desconocidas y no están clasificadas o son especialmente difíciles de cultivar.
Un equipo de la Universidad de Basilea y del Hospital Universitario de Basilea recoge y analiza desde 2014 muestras de pacientes que contienen gérmenes desconocidos. Los investigadores han descubierto más de treinta nuevas especies de bacterias, algunas de las cuales están asociadas con infecciones clínicamente relevantes.
Análisis genético completo
En total, el equipo dirigido por el microbiólogo Dr. Daniel Goldenberger analizó 61 patógenos bacterianos desconocidos que se encuentran en muestras de sangre o tejido de pacientes con una amplia gama de afecciones médicas. Los métodos de laboratorio convencionales, como la espectroscopia de masas o la secuenciación de una pequeña parte del genoma bacteriano, no habían logrado producir resultados para todos estos aislados.
Por este motivo, los investigadores secuenciaron el material genético completo de la bacteria utilizando un método que sólo está disponible desde hace unos años. Luego compararon las secuencias del genoma identificadas con cepas conocidas en una herramienta en línea.
Más de la mitad de las bacterias que se analizaron eran desconocidas
De las 61 bacterias analizadas, 35 eran desconocidas hasta ahora. Las 26 cepas restantes, las 26 cepas restantes, los investigadores las clasificaron como difíciles de identificar: o sus secuencias genómicas se habían añadido recientemente a las bases de datos o hacía muy poco tiempo se había creado una descripción taxonómica correcta de los patógenos.
Una evaluación de los datos de los pacientes mostró que siete de las 35 nuevas cepas eran clínicamente relevantes, es decir, que pueden causar infecciones bacterianas en humanos. “Estos vínculos directos entre las especies de bacterias recientemente identificadas y su relevancia clínica rara vez se han publicado en el pasado”, dijo el Dr. Goldenberger.
Causa de infecciones raras
La mayoría de las especies recientemente identificadas pertenecen a los géneros Corynebacterium y Schaalia, ambos bacilos grampositivos. “Muchas especies de estos dos géneros se encuentran en el microbioma natural de la piel humana y en las mucosas. Por eso a menudo se subestiman y la investigación sobre ellos es escasa”, explicó el Dr. Goldenberger. Sin embargo, cuando entran en el torrente sanguíneo pueden causar infecciones, por ejemplo debido a un tumor.
Uno de los patógenos difíciles de identificar también podría ser clínicamente relevante. Se encontró en el pulgar inflamado de un paciente después de una mordedura de perro. Un grupo de investigación canadiense también aisló recientemente esta bacteria de heridas causadas por mordeduras de perros o gatos. “Esto nos ha llevado a suponer que se trata de un patógeno emergente que debemos vigilar”, afirmó el Dr. Goldenberger. Los investigadores canadienses nombraron a la bacteria Vandammella animalimorsus en 2022.
Clasificar los nuevos patógenos
Dar nombre a sus nuevas especies es también el siguiente punto en la lista de tareas pendientes del equipo de Basilea. Trabajan en estrecha colaboración con el profesor Peter Vandamme de la Universidad de Gante, especialista en clasificación de bacterias. Dos de las bacterias ya han sido nombradas. Uno de ellos es Pseudoclavibacter triregionum , en referencia a la ubicación de Basilea cerca de las fronteras de Suiza, Francia y Alemania.
Sin embargo, el proyecto iniciado por el equipo de Daniel Goldenberger está lejos de finalizar. Los investigadores continúan recolectando y secuenciando sistemáticamente patógenos desconocidos encontrados en muestras de pacientes del Hospital Universitario de Basilea; ya se han detectado otras veinte especies nuevas. “Hemos notado una dinámica importante: gracias a los avances tecnológicos en bacteriología se está publicando mucho más sobre especies de bacterias recién descubiertas”, explicó el Dr. Goldenberger. Este avance facilitará en el futuro el diagnóstico correcto de infecciones causadas por patógenos raros y su tratamiento eficaz desde el principio.
Artículo de referencia: Novel Organism Verification and Analysis (NOVA) study: identification of 35 clinical isolates representing potentially novel bacterial taxa using a pipeline based on whole genome sequencing
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