Investigadores de la Universidad de São Paulo (USP) han creado la plataforma One Health Brazilian Resistance (OneBR), que reúne datos epidemiológicos y fenotípicos e información genómica sobre microorganismos catalogados como “prioridad clínica” por OMS.
El objetivo es contribuir al monitoreo y el control de bacterias multirresistentes contra las cuales es necesario buscar urgentemente nuevos antibióticos, pues los disponibles actualmente han perdido su efecto.
El banco cuenta hasta el momento con datos de unos 500 patógenos humanos, aunque se añadirán en poco tiempo 200 más. Esta iniciativa cuenta con el apoyo de la FAPESP, el Consejo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq) de Brasil y la Fundación Bill y Melinda Gates.
“La plataforma no se restringe a las bacterias que infectan a los seres humanos. Es una iniciativa que comprende también al área veterinaria, es decir, a los agentes infecciosos de animales de cría o domésticos, y también la microbiología ambiental y de los alimentos. Nos basamos en el concepto de One Health (una salud o salud única, que plantea la interconexión entre la salud humana, la de los animales y la del ambiente que los rodea)”, explica Nilton Lincopan, docente del Instituto de Ciencias Biomédicas (ICB-USP) y coordinador del proyecto.
Otra perspectiva del grupo consiste en incluir datos recabados por pares latinoamericanos. “Estamos conversando con investigadores de Chile, Argentina, Uruguay y Ecuador, entre otros. Sería más interesante monitorear las bacterias a nivel continental, pues existe una gran circulación de personas y de animales entre los países. Esta plataforma es como el lego. Construimos la base y, a partir de ella, las posibilidades son infinitas”, afirma Lincopan.
El acceso al material es gratuito y online, y no requiere registrarse o solicitar autorización. Basta con ingresar al sitio web y navegar. La información disponible abarca el lugar donde se aisló el patógeno (con datos de geolocalización del hospital o el servicio de salud) y datos clínicos del paciente: si la bacteria fue aislada en su piel o en su sangre, por ejemplo, en qué fecha, qué tipo de enfermedad causó, qué medicamentos se administraron, si el paciente fue hospitalizado, etc..
“La plataforma no se restringe a las bacterias que infectan a los seres humanos”
Nilton Lincopan, Instituto de Ciencias Biomédicas (ICB-USP)
También incluye datos epidemiológicos (cantidad de casos registrados y distribución geográfica, por ejemplo) y la secuencia completa del genoma bacteriano, con relieve para los principales genes de resistencia y virulencia, una información que pueden ayudar al médico a elegir un antibiótico eficaz.
La secuenciación de todos los genomas que se insertaron en la base de datos de bacterias multirresistentes estuvo a cargo del equipo de Lincopan. Los aislados bacterianos enviados por colaboradores de todo Brasil se encuentran almacenados en un biorrepositorio con sede en la USP.
Seguimiento de las infecciones y mejoras diagnósticas
“Supongamos que se detecta la presencia de una bacteria multirresistente en un paciente de Recife –una metrópolis brasileña ubicada a más de 2.000 kilómetros de São Paulo–. El profesional de la salud busca en la plataforma y descubre que ese mismo clon fue aislado en un hospital de São Paulo un año antes. Podrá entonces preguntar si el paciente estuvo internado en ese hospital y, de ser ese el caso, avisar a la institución sobre la propagación y el posible origen del patógeno”, ejemplifica el investigador.
La inteligencia de datos existente en la plataforma puede ser de utilidad, no solamente a los médicos y a los equipos de control sanitario, sino también a veterinarios, biólogos, ingenieros ambientales e investigadores vinculados al área de biotecnología, según afirma Lincopan. “Es posible buscar marcadores moleculares que permitan el desarrollo de kits de diagnóstico, por ejemplo. Otra aplicación que estamos explorando, con colegas del área de inteligencia artificial (IA), consiste en la automatización del antibiograma con base en los datos genómicos”, comenta el investigador.

Tal como lo explica el coordinador del proyecto, el antibiograma es un test que se aplica para descubrir a qué antibióticos es susceptible una bacteria. Esta técnica comprende actualmente el cultivo in vitro del microorganismo, en un proceso que tarda hasta 48 horas. Con el dato genómico y técnicas de IA, sería posible obtener esa información el mismo día del diagnóstico.
Bacterias multirresistentes: un reto global
La OMS dio a conocer en el año 2017 la primera lista de “agentes patogénicos prioritarios” resistentes a los antibióticos, un catálogo de 12 familias de bacterias que constituyen la mayor amenaza a la salud humana. Dicha lista se elaboró como un intento de orientar y promover la investigación y el desarrollo de nuevos antibióticos, como parte de los esfuerzos encaminados a enfrentar la creciente resistencia global a los medicamentos antimicrobianos. La lista de la OMS está dividida en tres categorías, según la urgencia de contar con nuevos antibióticos: de prioridad crítica, alta o mediana.
“Es posible buscar marcadores moleculares para el desarrollo de kits diagnósticos”
Nilton Lincopan, Instituto de Ciencias Biomédicas (ICB-USP)
El grupo más crítico de todos comprende a las bacterias multirresistentes, que son particularmente peligrosas en hospitales, residencias de mayores y entre los pacientes cuyos cuidados requieren procesos invasivos, como ventilación mecánica y catéteres intravenosos. Entre ellas pueden mencionarse Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y enterobacterias (que abarcan Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Serratia marcescens y Proteus spp). Son patógenos que pueden causar infecciones graves y se han vuelto resistentes a una gran cantidad de antibióticos, incluso a los carbapenémicos y las cefalosporinas de tercera generación, los mejores antibióticos disponibles para el tratamiento de bacterias multirresistentes.
El segundo y el tercer nivel de la lista –las categorías de prioridad alta y mediana– contienen otras bacterias que son cada vez más resistentes a los fármacos y provocan enfermedades comunes, como gonorrea o intoxicación alimentaria causada por Salmonella. Uno de los primeros análisis de datos genómicos brasileños existentes en la plataforma estuvo encabezado por la posdoctoranda del ICB-USP Bruna Fuga. Esos resultados se publicaron en la revista Microbiology Spectrum, de la Sociedad Estadounidense de Microbiología. Dicho estudio emite una alerta sobre la rápida propagación y adaptación de clones internacionales de E. coli, que exhiben una convergencia de un amplio resistoma (el conjunto de genes de resistencia a los antimicrobianos) y viruloma (el conjunto de genes de virulencia), en la interfaz humana-ambiental-animal en Brasil, lo que prospectivamente se erigirá como un desafío de salud única en el escenario pospandémico.
Más información sobre la plataforma OneBR y sobre los estudios publicados hasta ahora con base en los datos registrados: onehealthbr.com.
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